fix reference check issue with paths

ebulk

@@ -93,6 +93,7 @@ function checkParameters {
 	  fi
       fi
       EBULK_DATASET_FILE="$DATASET_DIR$EBULK_DATASET_FILE_NAME"
+      if [ "$ALWAYS_YES" = "true" ] ; then
         if ! [[ $REFERENCE =~ $re ]] ; then
           if [ "$REFERENCE" = "." ] && [[ -z "$STORAGE" ]] ; then
             echo
@@ -106,6 +107,7 @@ function checkParameters {
           fi
           helpReadme >&2; return 1
         fi
+      fi
       if [[ $DATASET_DIR != $REFERENCE ]]; then
 	  if [ "$REFERENCE" = "." ] ; then
 		REFERENCE=$(basename "$DATASET_DIR")
@@ -697,7 +699,7 @@ while [ "$1" != "" ]; do
     shift
 done
 
-for ELEMENT in '' '-d' '--directory' '-s' '--storage' '-cs' '--custom-storage' '-a' '--advanced' '-c' '--chunk' '-bs' '--batch-size' '-dc' '--discard-changes' '-dd' '--set-description'; do
+for ELEMENT in '' '-d' '--directory' '-s' '--storage' '-cs' '--custom-storage' '-a' '--advanced' '-c' '--chunk' '-bs' '--batch-size' '-y' '--yes' '-dc' '--discard-changes' '-dd' '--set-description'; do
   if [ "$ELEMENT" = "$REFERENCE" ]; then
 	REFERENCE="."
   fi