Actually if we use "set password for " command this changes the checksum
of mysql.user table
-localhost      root            Y       Y       Y       Y       Y       Y       Y       Y     YY       Y       Y       Y       Y       Y       Y       Y       Y       Y       Y       Y     $
Y       Y       Y       Y       Y       Y       Y                                       0     00       0                       N       N               0.000000
+localhost      root            Y       Y       Y       Y       Y       Y       Y       Y     YY       Y       Y       Y       Y       Y       Y       Y       Y       Y       Y       Y     Y
Y       Y       Y       Y       Y       Y       Y                                       0     00       0       mysql_native_password           N       N               0.000000
In short we replace '' with mysql_native_password
which make checksum to be different, and hence check test case fails.

So we use UPDATE mysql.user command.